ＩＥ７ではJavascriptの「prompt」がセキュリティ警告の対象になっていた。 還暦ＱＰＯＮ/ウェブリブログ

SECURITY

まっちゃさんところから。IE7 RC1 英語版だと、ゾーンの設定で

Allow websites to prompt for information using scripted windows

というのを Enable にしてやると、JavaScript の prompt() も動きますね。
これは、IEがタブをサポートしたため、悪意あるページが本来保護されるべきデータ(例えばメールアドレスやパスワードなど)の入力を要求しても、どのタブページが prompt を表示しているのかユーザに判別できず、誤って入力してしまうという問題を改善するための処置でしょう。